Vilijampolėje po Po pirmojo pasaulinio karo prelatas Povilas Januševičius įkūrė Vaikelio Jėzaus draugiją našlaičiams globoti ir auklėti. Buvusiose arklidėse įrengė prieglaudą, įsteigė pradžios ir amatų mokyklas, dirbtuves, VIII forte – vaikų su psichikos sutrikimais mokyklą-izoliatorių.

1932 m. įkurta parapija, pastatyta klebonija su laikina maldos erdve. Inžinierius K. Reisonas parengė didelės ir gražios mūrinės bažnyčios projektą, tačiau Antrasis pasaulinis karas sutrukdė įgyvendinti šį projektą iki galo.

Parapijai priklausė vaikų prieglauda, vidurinė amatų mokykla. Buvo 2 vaikų darželiai (steigėjai kunigas Juodeika ir Kazimieras Murikevičius), vieną tvarkė seselės benediktinės, kitą –Šv. Vincento Pauliečio draugija.

Po Antrojo pasaulinio karo bažnyčia įrengta mūriniame 2 aukštų name. 1974 m. Kauno vykdomojo komiteto sprendimu iš bažnyčios atimta dalis šventoriaus ir pastatytas kino teatras „Vilnis“.

Iki 1983 m. bažnyčios pirmame aukšte vykdavo pamaldos, o antrame aukšte buvo kunigų butai ir raštinė. Vilijampolei išsiplėtus ir pagausėjus gyventojų, parapija nebegalėjo patenkinti tikinčiųjų poreikių, todėl atsirado būtinybė bažnyčią padidinti. 1983 m. buvo atlikta didelė rekonstrukcija: panaikinti butai antrame aukšte, lubos pakeltos iki pastogės. Ant naujų gelžbetonio kolonų sumontuoti balkonai. Naujame mūriniame priestate įrengti erdvūs laiptai, kuriais patenkama į balkonus. Taip pat pastatytas naujas didysis altorius ir du šoniniai altoriai.

2001 m. prie bažnyčios pastatyta nedidelė klebonija. 2004 m. atlikta kita bažnyčios rekonstrukcija - ji padidinta į ilgį. Įrengta nauja klasė parapijos katechezei ir salė choristams, pastatytas bažnyčios bokštas. 2021 m. pašventinta nauja klebonija.